ReuterJapanNews’s Dialy

バンコク駐在記者。ヤンゴンからチン州ミンダットに転戦。国際NGOと連携して国軍の攻撃から逃れる難民を救おうと頑張っています。

コロナウィルスの謎3 ゲノム追跡で個人を特定していた 英独合同研究チーム

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英国とドイツの合同研究チームは新型コロナウィルスのサンプル160から世界への拡散ルートを解明した。通称「武漢ウィルス」はタイプB


 Bの場合、93のタイプBゲノムのうち19を除くすべてが武漢(n = 22)と中国南やその周辺国にあった。
具体的には中国東部の他の地域(n = 31)、および散発的に現れているのが、隣接するアジア諸国(n = 21)でサンプリングされている。

B typeは欧州へ拡散していた

東アジア以外では、米国とカナダのウイルスゲノムで10のBタイプが見つかった。1つはメキシコ、4つはフランス、2つはドイツ、そしてそれぞれ1つはイタリアとオーストラリア。


Bはどこで誕生した?

画像1

ノードBは、Aから2つの突然変異、すなわち同義突然変異T8782Cと非同義突然変異C28144Tによってロイシンをセリンに変更することによって派生した。


C type 欧州からカリフォルニア、ブラジルへ 
なぜ中国本土に存在しない謎❓

なのに星港 香港 台湾 韓国
タイプCは、グリシンをバリンに変更する非同義変異G26144Tが親タイプBと異なる。
データセットでは、これは主要なヨーロッパのタイプ(n = 11)であり、代表はフランス、イタリア、スウェーデン、イギリス、およびカリフォルニアとブラジルにあった。


中国本土のサンプルには存在しないが、シンガポール(n = 5)で明らかで、香港、台湾、韓国でも見られます。 系統発生ネットワークの実用的なアプリケーションの1つは、感染経路が未知であり、感染経路探査を再構築する必要性がある。つまり、世界が中国からの渡航者を遮断した時と重なるか?

感染履歴が十分に文書化されている次のケースは、例として役立つ場合があります(SI付録)。 2020年2月25日、中略


2020年1月27日。系統発生ネットワーク(SI付録、図S2)で、彼のウイルスゲノムは、再構成された祖先ノードから分岐し、佛山と深セン広東省)で派生したウイルスの亜種があり、旅行歴と一致している。

彼のウイルスゲノムは現在、明らかに共通のウイルス系統を共有している他の感染した北米人(カナダ人1人とカリフォルニア人2人)のウイルスゲノムと共存していた。

ネットワーク内の単一のメキシコのウイルスゲノムのケースは、2020年2月28日にイタリアへのメキシコ人旅行者で診断された文書化された感染症です。このネットワークはメキシコのウイルスのイタリア起源を確認するだけでなく(SI付録、図S3)、このイタリアのウイルスは2020年1月27日にドイツで最初に記録されたドイツの感染に由来することを意味します。


ミュンヘンは、武漢から両親の訪問を受けた上海の中国人の同僚から感染に感染した。 1か月続く武漢からメキシコへのこのバイラルジャーニーは、系統発生ネットワークの10の突然変異によって記録されています。 

このウイルスのネットワークは、その後の移動と突然変異によって系統が不明瞭になる前の、伝染病の初期段階のスナップショットです。


(ドイツ人がこのゲノム解析の中心にいたため、ドイツの感染ルートは克明にわかっていた。日本人が参加していれば、東南アジアの拡散を詳細に追跡できていたかも知れない 記者)


ウイルス進化の発根は、入手可能な最も古いサンプリングされたゲノムを根として使用することによって、この初期段階で達成できるかどうかという質問がされるかもしれません。
しかし、SI付録として、図S4が示すように、2019年12月24日にサンプリングされた最初のウイルスゲノムは、コウモリコロナウイルスのアウトグループ発根によると、すでにルートタイプから離れています。

Type 追跡の意義 
潜伏期間中に空港に到着していた

2019年の新しいコロナウイルスの流行(COVID-19)の世界的な広がりを抑えるために、空港のスクリーニングや旅行制限などの国境管理措置がいくつかの国で実施されています。
我々の結果は、これらの措置が中国本土から他の国への輸出の速度をおそらく遅くしたが、COVID-19の世界的な広がりを抑えるには不十分であることを示しています。

無症候性の潜伏期間中に到着するほとんどのケースで、我々の結果は、中国本土の外の人から人への伝染を制限するために震源地内と空港現場の両方で迅速な接触では追跡が不可欠であることを示唆している。


調査の概要 
中国本土での新しいコロナウイルスの発生(COVID-19)は、世界中に急速に広がっています。 2019年12月31日に発生が報告されてから2か月以内に、他の26か国で合計566例の重症急性呼吸器症候群SARS CoV-2)症例が確認されました。

中国およびその他の国では、集団発生の拡大を制限するために、旅行制限および国境管理措置が実施されています。これらの管理策の影響を推定し、COVID-19の発生の世界的な広がりに対する空港が果たすべき役割がいかに重要かを示している。

私たちの結果は、2020年1月13日、海外旅行を通じて中国本土から少なくとも1つのSARS CoV-2ケースを輸出する毎日のリスクが95%を超えていることを示す。

779ケース(95%CI:632〜967)は、国境や旅行の制限なしに2020年2月15日までに輸出され、中国政府によって強制された旅行の封鎖により、これらの事例の70.5%(95%CI:68.8〜72.0%)が回避された。

さらに、導入の最初の3週間半の間に、旅行制限により、1日あたりの輸出率が平均で81.3%(95%CI:80.5〜82.1%)減少。流行のこの初期段階では、輸出率の低下により、COVID-19の発生による影響を受けない都市への症例の輸入が遅れ、適切な公衆衛生対応を調整するための時間が確保される可能性があります。

この調査の私感
発生源は中国とその周辺。
一人旅行者が国家を危機に陥れていた事実
現在の検疫を安易と掻い潜っていたコロナウィルス
潜伏期間の旅行者は水際を突破していた


最後にこの扇状グラフィックの見方
ABC typeにより120度のエリアに記録
中国が中心に遠くはブラジル、メキシコまでのルートを特定
ドイツとイタリアでは個人まで特定していた


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